通化市人民检察院内设办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、第七检察部、第八检察部、知识产权检察办公室、法律政策研究部、案件管理部、检务督察部、技术信息部、计划财务装备部、政治部（干部处、队伍建设处、宣传处）；机关党委按党章规定设置。另设司法警察支队、驻省梅河监狱检察室，为市院直属机构。

办公室：主要负责检察政务、联络人大代表等工作；第一检察部：主要负责普通和重大刑事犯罪检察；第二检察部：主要负责职务和经济犯罪检察；第三检察部：主要负责刑事执行检察和司法人员相关职务犯罪侦查；第四检察部：主要负责民事检察；第五检察部：主要负责行政检察；第六检察部：主要负责公益诉讼检察；第七检察部：主要负责未成年人检察；第八检察部：主要负责控告申诉检察；法律政策研究部：主要负责法律政策研究、检察委员会、司法改革等工作；案件管理部：主要负责案件管理、人民监督员等工作；检务督察部：主要负责检务督察、检察官惩戒、内部审计等工作；技术信息部：主要负责技术信息工作；计划财务装备部：主要负责计划财务装备工作；政治部（下设干部处、队伍建设处、宣传处）：主要负责思想政治和组织人事工作；机关党委：主要负责机关党群工作；司法警察支队：主要负责司法警察工作；通化市人民检察院驻省梅河监狱检察室。